Säätiön toiminta on yleishyödyllistä ja sen perusrahoitus on pääosin julkista rahoitusta. Perusrahoituksen lisäksi haetaan aktiivisesti ulkopuolista hankerahoitusta niin museoiden kuin Kirjainstituutin toimintaan. Säätiöllä on omavarainhankintaa, johon vuosittain panostetaan mm. yritysyhteistöin.
Suomen kirjainstituutin säätiön hallinnoimat museot Suomalaisen kirjan museo Pukstaavi ja Sastamalan seudun museo ovat valtionosuusmuseoita. Suomen kirjainstituutin säätiö saa Opetus- ja kulttuuriministeriöltä yleisavustusta kirjallisuuden edistämiseksi sekä valtionosuutta 5,5 henkilötyövuodesta.
Sastamalan kaupungin tuki säätiölle on määritetty Pääsopimuksessa Sastamalan kaupungin ja kirjainstituutin säätiön yhteistoiminnasta. Lisäksi kaupunki vastaa säätiön ja museoiden tilavuokrista ja toimitiloista. Kaupunki tukee säätiötä vuosittain kuluttajahintaindeksiin sidotuin avustuksin, joiden perustaso määritettiin vuonna 2012.
